Das Nationaltheater wurde am 13. April 1846 anlässlich des 27. Geburtstags von Königin Maria II. (1819-1853) eingeweiht, weshalb das Theater auch nach ihr benannt ist.
Die Geschichte des Nationaltheaters begann jedoch schon zehn Jahre vor seiner Einweihung, in einer Zeit des politischen und kulturellen Wandels nach der Revolution vom 9. September 1836. Es war eine Zeit, in der Europa in einer romantischen Atmosphäre lebte, und der Schriftsteller und Politiker Almeida Garret machte es sich zur Aufgabe, das portugiesische Theater in globaler Hinsicht zu reflektieren, und zwar als ein politisches Thema, das eng mit der Unabhängigkeit des Landes nach den französischen Invasionen und den liberalen Kriegen verbunden war.
Zwischen 1836, dem offiziellen Gründungsjahr des Theaters, und 1846, dem Jahr seiner Einweihung, diente das bestehende und bereits verfallene Teatro da Rua dos Condes als provisorisches Teatro Nacional. Nach heftigen Kontroversen wählte der italienische Architekt Fortunato Lodi die Ruinen des Palácio dos Estaús, des ehemaligen Sitzes der Inquisition, der 1836 durch ein Feuer zerstört wurde, als endgültigen Standort für das Nationaltheater aus. Seine Entscheidung stieß auf breite Kritik, und erst 1842 konnte Almeida Garret den Beginn der Bauarbeiten erreichen.
Das Nationaltheater fiel 1964 einem Brand zum Opfer, von dem nur die Außenmauern und die Fassade übrig blieben.Das neoklassizistische Gebäude, wie wir es kennen, wurde vollständig wieder aufgebaut und 1978 wiedereröffnet.
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